Аритмогендік синдромдарды таргетті секвенирлеуге арналған кітапханаларды дайындау ерекшеліктері

Abstract

Мақалада Illumina платформасына арналған пайдаланушы кардиогенетикалық панелін пайдалана отырып, əртүрлі аритмогендік синдромдармен ассоциацияланған 96 генді таргетті байыту əдісімен таргетті секвенирлеу үшін ДНҚ кітапханаларын дайындаудың əдістемесі сипатталған. Таргетті гендердің ДНҚ кітапханалары əртүрлі аритмогендік синдромдары бар 65 науқасқа дайындалды. Хаттама 225 нг геномдық ДНҚ үлгілерінен ДНҚ кітапханаларын əзірлеуге оңтайландырылды. Бақылау ретінде p/n G9901C (Agilent Technologies, АҚШ) жиынтығымен бірге жеткізілген байытылған бақылау ДНҚ-сы (Enrichment Control DNA) пайдаланылды. Ең алдымен, барлық 65 науқастың ДНҚ үлгілері рестрикциялық ферменттер көмегімен əртүрлі фрагменттерге бөлінді жəне денатурацияланды. Содан кейін, сақиналы ДНҚ молекулаларын құру үшін зондтар кітапханасы таргетті фрагменттерге гибридизацияланды. Келешекте биоинформатикалық талдау кезінде үлгілерді идентификациялау үшін 65 үлгіге əртүрлі 65 индекс сиквенстері қосылды. Зондтар биотинделді жəне таргетті фрагменттер магнитті стрептавидинді шарлар көмегімен бөлініп алынды. Кейін сақиналы ДНҚ молекулалары лигация үрдісі кезінде біріктірілді. Таргетті фрагменттер полимеразды тізбек реакциясы көмегімен амплификацияланды, нəтижесінде алынған индекстелген амплификация өнімдері Illumina HiSeq2000 жаңа буынды секвенаторында секвенирлеуге жіберілді.